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上新 | 提速10小時(shí)？MGISEQ-2000升級(jí)大揭秘

時(shí)間：2022-08-05作者：華大智造

近日，華大智造對(duì)旗下中高通量基因測(cè)序儀MGISEQ-2000進(jìn)行了全面升級(jí)，以提供更穩(wěn)定的性能和更佳的使用體驗(yàn)。作為一款全能型桌面測(cè)序儀，MGISEQ-2000能夠?yàn)橛脩籼峁┤?、靈活、高效的測(cè)序選擇，是大中型高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)室的優(yōu)選機(jī)型。

MGISEQ-2000自發(fā)布以來，已經(jīng)廣泛應(yīng)用于科學(xué)研究、疾病防控、環(huán)境、農(nóng)業(yè)等多種領(lǐng)域，累計(jì)發(fā)表文章560余篇，助力科研領(lǐng)域高通量測(cè)序技術(shù)的全面普及。華大智造深耕生命科學(xué)工具研究和平臺(tái)建設(shè)，近期對(duì)MGISEQ-2000 的控制軟件、算法軟件及配套腳本進(jìn)行了升級(jí)，給客戶帶來更快速，更簡單，更靈活的測(cè)序體驗(yàn)！

更快速大載片提速20%

PE150測(cè)序模式下，MGISEQ-2000運(yùn)行2張F(tuán)CL載片可產(chǎn)生＞1 Tb堿基數(shù)據(jù)，這個(gè)夏季，MGISEQ-2000重磅升級(jí)，搭配新版本測(cè)序試劑即可提速！在保質(zhì)保量的基礎(chǔ)上FCL 載片PE100的測(cè)序時(shí)間*從48h縮短至38h，F(xiàn)CL 載片PE150則從原來的66h縮短至56h，分別實(shí)現(xiàn)了20%左右的提速。

圖1 FCL提速（PE100和PE150）

注：運(yùn)行時(shí)間根據(jù)雙載片進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，包括：樣本加載、測(cè)序和寫FastQ時(shí)間

更簡單堿基不再需要如此“Balance”

通過算法優(yōu)化，MGISEQ-2000對(duì)堿基不平衡文庫更加友好，即使單個(gè)barcode也能實(shí)現(xiàn)很好的拆分。如下圖2所示，采用NA12878樣本，進(jìn)行PCR-Free WGS建庫，文庫在升級(jí)后的MGISEQ-2000上進(jìn)行測(cè)序，數(shù)據(jù)顯示單個(gè)barcode樣本和兩個(gè)barcode樣本的SplitRate均達(dá)到98%以上，滿足少數(shù)樣本的靈活測(cè)序和拆分。

圖2 MGISEQ-2000升級(jí)前后SplitRate（%）對(duì)比

甲基化文庫是典型的不平衡文庫，測(cè)序時(shí)為了實(shí)現(xiàn)更準(zhǔn)確的堿基信號(hào)識(shí)別往往需要添加一定比例的平衡文庫進(jìn)行堿基平衡。MGISEQ-2000升級(jí)后，在不添加平衡文庫的基礎(chǔ)上進(jìn)行WGBS測(cè)序，拆分率可達(dá)96%，相較升級(jí)前（60.39%）提升了將近60%，詳見下圖3；同時(shí)，對(duì)比分析了添加25%平衡文庫和不添加平衡文庫的測(cè)序表現(xiàn)情況，可以看出是否添加平衡文庫對(duì)MGISEQ-2000測(cè)序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量沒有顯著影響（圖4）。

圖3 MGISEQ-2000升級(jí)前后甲基化文庫（不加平衡文庫）的SplitRate（%）對(duì)比

\圖4 MGISEQ-2000升級(jí)后甲基化文庫（不同比例平衡文庫）的數(shù)據(jù)量對(duì)比

更靈活雙模測(cè)序，隨時(shí)上機(jī)

MGISEQ-2000搭載雙載臺(tái)，每次運(yùn)行支持1-2張載片上機(jī)，升級(jí)后更可實(shí)現(xiàn)雙模測(cè)序*——即AB邊單獨(dú)測(cè)序，間隔時(shí)間隨意，在測(cè)序中途亦可添加第2張載片變?yōu)殡p載片運(yùn)行模式；雙載片獨(dú)立運(yùn)行，測(cè)序數(shù)據(jù)獨(dú)立下機(jī)，進(jìn)一步縮短TAT（turn around time），使測(cè)序無需等待，只等“樣”來，隨來隨測(cè)，一臺(tái)儀器可當(dāng)“兩臺(tái)”使用，提高測(cè)序儀的使用效率。